El Museo de Ciencias Naturales de Los Yébenes surge a raíz de un convenio firmado entre el Ayuntamiento de esta localidad y el Museo nacional de Ciencias naturales a través del consejo Superior de Investigaciones Cientificas (MNCN-CSIC). El objetivo principal de este convenio es utilizar la experiencia científica y didáctica del Museo Nacional de Ciencias Naturales de Madrid junto con la utilización de los ejemplares de animales depositados en sus almacenes, para diseñar lineas de argumentación científica y confeccionar "pequeños" museos para la divulgación de los conocimientos científicos básicos de las ciencias naturales.

En la larga historia del Museo Nacional de Ciencias Naturales, fundado en 1771 por Carlos lll, no es la primera vez que se lleva este objetivo a la práctica. Existen antecedentes de la participación del MMCN en la constitución de los gabinetes de la Historia Natural con fines pedagógicos de los institutos de Enseñanzas Medias a finales del siglo XIX y principios del XX, llevados a cabo principalmente por el que fuera Director del MMCN, Ignacio Bolivar Urrutia. Pero esperamos y deseamos que la retomada experiencia sea tan fructífera como las de entonces y se pueda extender a otras localidades del territorio nacional.

Se trata, en ultima instancia, de utilizar un patrimonio público para la puesta en práctica de uno de los principales fines que motivó su colecta: su exhibición ante los ciudadanos en un contexto científico, temas básicos como la evolución de la vida y otros temas de actualidad como el cambio climático o los principales problemas de conservación del medio natural y de la biodiversidad; todo ello ilustrado y adornado con magnificas piezas animales, entre las que destaca el esqueleto de un gran ejemplar de rorcual azul recuperado y montado para la ocasión

Este museo está ubicado en el mismo edificio que el Teato-Auditorio local, contando por tanto con todos los servicios e instalaciones necesarias para servir como localización para rodajes suministro eléctrico, agua, aparcamiento, camerinos, etc.